Il Battistero, come l'intero complesso basilicale, fu voluto fortemente dal beato Cardinale Alfredo Ildefonso Schuster, nell'ottica di un recupero delle consuetudini della prima Chiesa ambrosiana, e seguendo le esortazioni di San Carlo Borromeo.

Non a caso, in occasione dell'inaugurazione della nuova "Basilica baptisterii", il Cardinale scrisse una lettera pastorale ai fedeli  della Diocesi, intitolata "Battistero della Basilica dei santi Achilleo e Nereo in Milano" in cui, descrivendone il ciclo di affreschi (ad opera del pittore Piero Fornari) e spiegandone il significato, diceva che l'edificio, "ispirandosi   alle migliori tradizioni dell'eredità cristiana, canta, in una specie di poema biblico, tutto il catechismo del Santo Battesimo". Il Battistero è stato recentemente riaperto con solennità dopo essere stato portato a nuovo splendore con un accurato intervento manutentivo.

Interno del Battistero: fonte battesimale con affresco di Sant'Ambrogio che battezza Sant'Agostino e altare con pala raffigurante il battesimo di Cristo	Interno del Battistero: dettaglio dell'affresco dell'arco trionfale
Interno del Battistero: la cupola con la visione di Ezechiele	Interno del Battistero: affresco con la Risurrezione di Cristo
Entrata del Battistero